Under 1950-talet utreddes möjligheterna till att ordna bostäder till de studerande på dåvarande Armens Krigshögskola och en stiftelse bildades med ändamål ”att uppföra bostadshus med bostäder, avsedda i första hand, för elever vid försvarets högskolor i Stockholm”. 1961 sammanslogs de tre försvarsgrenarnas krigshögskolor till Militärhögskolan som fick sitt säte i gamla artilleriregementet A 1 kaserner på Valhallavägen.

Den precis startade KHS stiftelsen transformerades då till Stiftelsen MHS Eleven. De studerande officerarna i den högre tvååriga militära utbildning på Militärhögskolan var i 30-årsåldern och hade som regel bildat familj. Behov förelåg därför av att tillhandahålla bostäder för småbarnsfamiljer som kom från försvarets förband över hela landet. Dessutom skulle samtliga studerande, innan de högre studierna påbörjades, gå igenom den ettåriga allmänna kursen vid Militärhögskolan.

Kungliga Djurgårdförvaltningen upplät mark till en mycket låg tomträttsavgäld varför startkapitalet (300000 kr) kunde läggas på byggnationen. Huset på Sandelsgatan blev färdigställt 1964.

Det visade sig dock snart att de 80 lägenheterna på Sandelsgatan inte räckte till. Byggnadsstyrelsen upplät ytterligare en tomt på Sandhamnsgatan. Huset med 96 lägenheter stod klart 1969. Utrikesdepartementet fick disponera ett antal bostäder i fastigheten.

Dubbelarbetande föräldrar gjorde att ett ökat behov av lägenheter för veckopendlande studerande officerare tillkom. Fortifikationsförvaltningen hade övertagit förvaltningen av fastighetsmarken i Stockholm. Mark uppläts, fortfarande med låg tomträttsavgäld. Stiftelsen byggde i slutet av 80-talet ett hus på Jungfrugatan med 126 enrums­lägenheter för studerande. I huset ordnades också utrymmen och lokaler för Militärhögskolans verksamhet samt i bottenplanet för bl. a en livsmedelsaffär. Genom att Stiftelsen inte hade ett vinstkrav kunde avkastningen utnyttjas för att successivt lyfta 60-talsfastigheterna till modern standard.

Förvaltningshögskolan liksom humanforskning vid Försvarets Forskningsanstalt inlemmades i Militärhögskolan 1994 liksom att säkerhetspolitisk utbildning/forskning etablerades och de första stegen togs mot en etablerad akademisk statlig högskola. Därefter inlemmades gamla Försvarshögskolan 1997 och skolan bytte namn till Försvarshögskolan. Försvarshögskolan flyttade 2006 till KTH campus och därmed lämnades den nära kontakten mellan skolan och studenternas boende.

Vid sekelskiftet påbörjades försvarets stora omstrukturering. Den regionala omfattande ledningsstrukturen lades ner och koncentrerades till Stockholm, förbandsnedläggningar skedde successivt och i stor omfattning.

Försvarsmaktens behov av bostäder ökade markant medan Försvarshögskolans behov minskade. Stiftelsens roll tydliggjordes som Försvarsmaktens aktör för att tillgodose dess behov av bostäder i Stockholm.

Följaktligen outsourcades 2002 Försvarets Bostadsförmedling till Stiftelsen, Kasernen AB i Stockholm förvärvades 2002. (Fastighetsbolaget Svea Artilleri bildades), Stockholmshems fastigheter i Starrbäcksringen (60 lägenheter) förvärvades 2008 samt blockförhyrning av ca 200 lägenheter.

Kasernen AB avveckling gjorde att Stiftelsen 2010 förvärvade dess fastighet i Uppsala med ca 60 lägenheter (Fastighetsaktiebolaget Ärna bildades)

Namnet Stiftelsen MHS Eleven blev missvisande och ändrades 2007 till Stiftelsen MHS Bostäder.

Statsmakternas beslut 2008 med ett nytt personalförsörjningssystem med vilande värnplikt och anställda gruppbefäl, soldater och sjömän, GSS, har därefter präglat MHS Bostäders utveckling. Efter ett par års tveksamhet angav Försvarsmakten att man såg som sin uppgift att stödja ett övergångsboende för GSS. För Stiftelsen blev det nödvändigt att permutera i stadgarna angivet ändamål. Detta lyckades och Kammarkollegiet godkände 2012 Stiftelsens förslag till utökning av destinatörkretsen innefattande Försvarsmaktens anställda och utökning av det geografiska ansvarsområdet till storstadsområdet.

Efter ett lyckat genomfört pilotprojekt för Livgardets och Amfibieregementets GSS har Försvarsmaktens gjort en rambeställning på ca 1500 lägenheter. Genom förvärv av fastigheter i Upplands Bro (Fastighetsaktiebolagen Bergsrosen och Tibble) bostadsrätter inom Stockholm respektive dess närhet och Enköping samt blockförhyrning i Haninge och Kungsängen kommer under 2015 närmare hälften av rambeställningen kunna levereras. Totalt förvaltar MHS Bostäder nu över 1000 lägenheter.